სასულიერო გიმნაზიაში მოქმედებს საგნობრივი კათედრები: 1. დაწყებითი კლასების კათედრა, 2. საზოგადოებრივი მეცნიერებების კათედრა, 3. უცხო ენების კათედრა, 4. ქართული ენისა და ლიტერატურის კათედრა, 5. მათემატიკის კათედრა, 6. საბუნებისმეტყველო მეცნიერებების კათედრა, 7. სპორტისა და ესთეტიკური აღზრდის კათედრა