სასულიერო გიმნაზიაში მოქმედებს საგნობრივი კათედრები: 1. დაწყებითი კლასების კათედრა, 2. საზოგადოებრივი მეცნიერებების კათედრა, 3. უცხო ენების კათედრა, 4. ქართული ენისა და ლიტერატურის კათედრა, 5. მათემატიკის კათედრა, 6. საბუნებისმეტყველო მეცნიერებების კათედრა, 7. სპორტისა და ესთეტიკური აღზრდის კათედრა
ა(ა)იპ საქართველოს საპქრტიარქოს ლანჩხუთის წმიდა იოანე ნათლისმცემლის სახელობის სასულიერო გიმნაზიაში 32 მასწავლებელი ასწავლის. მათგან 15 პედაგოგი უფროსი მასწავლებლის სტატუსს ფლობს. ყველა მათგანი ჩართულია "მასწავლებლის საქმიანობის დაწყების, პროფესიული განვითარებისა და კარიერული წინსვლის" სქემაში